在日常管理中，要十分注意营养均衡、水质清新、注重消毒；一旦发现病情，要积极治疗，做好隔离，防止病原传播。
1、寄生性疾病
①.白斑病(又叫瓣体虫病)体表出现形状不规则的白斑，严重时白斑扩大连片，头部、皮肤、鳍和腮表面粘液明显增多，游动迟缓，呼吸困难，死亡后胸鳍向前后僵直，几乎紧贴在腮盖上。致病体是石斑鱼瓣体虫，寄生于赤点石斑鱼的腮、体表和鳍上。用2×10-6浓度的硫酸铜海水溶液浸洗2小时，次日重复一次，疗效显著。或用淡水洗澡4分钟，也可杀灭石斑鱼瓣体虫，治疗白斑病。
②.白点病(又叫小瓜虫病)病鱼体表出现直径0.5毫米~1毫米的白色斑点，粘液增多，鳞片脱落，厌食，小瓜虫在腮部寄生破坏腮小片，致鱼呼吸困难，直至死亡。在水温30℃左右，白点病传染很快，几天内整个网箱或鱼池的石斑鱼都会被感染。致病体是刺激隐核虫。用淡水浸浴5分钟～10分钟，或用100×10-6浓度的甲醛海水药浴30分钟～1小时，3天～5天一次。
③.回旋病(又叫粘孢子虫病)病鱼在海面呈不正常的回旋游泳，下不了深水层。致病体是脑粘体虫。预防方法是鱼种放养时用0.34×10-6浓度的高锰酸钾药浴10分钟，保持水质清新。
④.指环虫病病鱼体表失去光泽，食欲不振，游泳迟缓。有的鳍条溃烂，体表和腮部粘液增多，局部鳞片脱落，一侧或两侧眼球突出、发炎、坏死或脱落，游泳失去平衡，打转转。致病体是指环虫。用淡水浸洗5分钟～10分钟，每天一次，连续2天～3天，疗效好。
⑤.吸虫病吸虫大量增生时，可引起病鱼游动缓慢，腮上粘液增多，腮部有的部位淤血，有的部位贫血呈淡红色，严重时会因呼吸困难而致死。致病体是石斑双鳞盘吸虫、分性双吸虫、石斑鱼异性双吸虫等。治疗方法可参考指环虫病。
⑥.隐鞭虫病病症与吸虫病相似，病原体是隐鞭虫，可用淡水或0.15×10-6浓度的高锰酸钾溶液浸洗5分钟杀灭。
⑦.鲺病鲺寄生在鱼体表和腮部，用吸盘吸取鱼体养分，造成腮组织的完整性受破坏，导致呼吸功能受损，最终使患病鱼体死亡。鲺繁殖和传染很快，特别是在海水温度较高的季节。目前还没有既不污染环境又行之有效的治疗方法[52石斛网www.52shihu.com]，因此养殖生产中应注意保持水质清洁，可有效预防该病的发生。
淀粉卵加藻、锥体虫、角孢子虫、车轮虫等寄生虫对石斑鱼危害也较大。此外，线虫病是石斑鱼较常见的寄生虫病，感染率很高。特别是在网箱养殖条件下，饲料鱼的线虫对石斑鱼的感染甚为严重。有时体腔内出现数十条，因病症不明显而未引起重视。
2、细菌性疾病
①.烂尾病尾部体表充血发炎，皮肤溃烂，鳞片脱落。鱼病灶边缘充血发红，中央浮肿溃烂，严重时肌肉和骨骼外露，鱼体失去平衡，数十天死亡。多发生在4月～10月，死亡率很高。预防可用0.34×10-6浓度的高锰酸钾药浴10分钟，还可用抗生素缓解病情。
②.溃烂病病鱼主要症状是行动迟钝，游出水面，各鳍及基部溃疡，甚至遍体鳞伤。溃疡面大小不等，形状各异。溃烂面会加深，最终死亡，死亡率很高。致病菌是创伤弧菌。发病季节为4月～11月。用呋喃西林浸洗3分钟～5分钟，内服抗生素，可控制病情。利用创伤弧菌强毒菌株植被的福尔马林灭活疫苗、热灭活疫苗和创伤弧菌中提取的粗制脂多糖，通过肌肉注射接种青石斑鱼和鲑点石斑鱼都能获得良好的免疫保护。
③.细菌性白斑病病鱼体两侧最初出现指印状红斑，少数情况下可在头部和尾部发生，病灶部位稍有隆起。随着病情的发展，病灶转为白斑，此时鳞片稍有竖起，较易脱落。鳞片脱落后白斑更为清晰。病鱼食欲丧失，死亡率高达90％以上，流行在冬季。预防措施是避免鱼体损伤。用抗生素和消炎药物可缓解病情，但效果不明显。
3、其他病害
①.营养性障碍综合症病鱼鳔内充气，腹部鼓胀，失去平衡，在水面或网箱底部打转，所以俗称"膨胀病""打转病"。组织切片可见肝脂肪变性、坏死、空泡化、细胞核溶解。病鱼鳃和内脏器官出现局部或全身炎症，在水面浮游数天后死亡，死亡率较高。流行季节5月～10月，用药物"清胀宁"防治，效果较好。
②.增生性肾脏病病鱼有不同程度腹胀、倒浮或侧卧，鳍和体表溃烂，一侧或两侧眼球突出、瞎或瘸，体表发黑或发白，即为石斑鱼养殖中严重流行的"胀膘症"。血白细胞平均占48.09％，单核细胞占2.82％，明显高于正常值。病原体是一种原生动物粘体虫，发病率较高，用中国水产科学研究院南海水产研究所研制的药物"鱼宝散"投喂，效果显著。